公元前213年，一位朝廷的高官淳于越反对当时实行的“郡县制”，要求根据古制，分封子弟。丞相李斯加以驳斥，并主张禁止“儒生”（读书人）以古论今，以私学诽谤朝政。丞相李斯说：“……我请求让史官把不是秦国的典籍全部焚毁。除博士官署所掌管的之外，天下敢有收藏《诗》《书》、诸子百家著作的，全都送到地方官那里去一起烧掉。有敢在一块儿谈议《诗》《书》的处以死刑示众，借古非今的满门抄斩……”秦始皇采纳李斯的建议，下令焚烧《秦记》以外的列国史记，对不属于博士馆的私藏《诗》《书》等也限期交出烧毁；有敢谈论《诗》《书》的处死，称赞过去的而议论现在政策的灭族；禁止私学，想学法令的人要以官吏为师。这种措施引起许多读书人的不满。
第二年，秦始皇嬴政狂热地迷上了仙人和不死神药，四处笼络和招揽术士，酬以重金，很多术士云集咸阳，有为名的、有为利的，一晃六年时间过去了，连仙人和不死神药的影也没见着。术士们不免心虚起来，就想找借口逃走。其中有名气的侯生、卢生知道自己没有好果子吃，就逃跑了。秦始皇听说二人逃跑，十分恼怒，认为这批文章博学之士和有各种技艺的方术之士，没能振兴太平，最后花费的钱以数万计算，也没找到奇药，还背地诽谤皇帝，真是太过分了。于是查抄在咸阳的术士。
还没来得及逃离咸阳的术士们被悉数缉拿归案，关押一处。严刑拷打之下，他们没有一点节操，为求自免，互相揭发，乃至不惜编造，牵引诬告。审理下来，得犯禁者四百六十余人，皆坑于咸阳。此一事件，后世往往和焚书并列，合称为焚书坑儒。其实，所谓坑儒，本只是对良莠不齐的术士队伍的一次清理整顿而已。这被活埋的四百六十余人，乃是候星气、炼丹药的术士，并非儒生。
首先提出坑儒的，是在东晋年间。梅颐献《古文尚书》里把坑术士第一次变性为坑儒。后来，随着《古文尚书》被定为官书，坑儒的说法于是沿袭下来，遂成定论。到了清代，梅颐所献的《古文尚书》伪书的身份已成盖棺定论。
